Au début des années 90, des étudiants de l'INSA (Institut National des Sciences Appliquées), fondent l'association RAPP, Rencontre A Petits Pas, pour créer un réseau d'échange de savoir dans le domaine scientifique, comme le fait ATD-quart monde dans le domaine de la lecture. Cette initiative débouche sur un jumelage entre le campus universitaire de la Doua, à Villeurbanne, et la Zone d'Education Prioritaire du Mas du Taureau, à Vaulx-en-Velin. Une découverte mutuelle entre élèves ingénieurs et gamins de banlieue. Les enfants découvrent une grande école et ses laboratoires. Henri Latreille leur permet de faire de la chimie et les premières expériences d'une salle de découvertes en création dans l'INSA.


En 1995, lors de l'inauguration du Planétarium de Vaulx-en-Velin par Hubert Reeves, Pierre Léna rencontre Henri Latreille et Yves Janin. Ce dernier est président d'ADEMIR, Association pour le Développement dans l'Enseignement de la Micro-lnformatique et des Réseaux, qui a également réalisé la Péniche de l'Environnement. Quant à Henri Latreille, il termine sa carrière d'enseignant-chercheur de l'INSA, Institut National des Sciences Appliquées. Passionné de pédagogie et de vulgarisation scientifique, il propose un concept nouveau de salle de découvertes scientifiques à ADEMIR qui accepte de porter le projet. Huit étudiants de l'INSA mènent une étude de faisabilité et trouvent les premiers sponsors. Une salle de découvertes scientifiques est mise en préfiguration dans le préau d'une ancienne école. La ville soutient l'initiative qui s'inscrit parfaitement dans le cadre du Projet Educatif Global. En avril 98, elle met 800 mètres carrés de locaux à disposition du projet.


Un chef de projet prête son concours aux fondateurs pour la création de l'association ébulliScience® en juillet 1998 avec le soutien de la Ville de Vaulx-en-Velin, du Ministère de la Recherche, du Ministère du Travail, de l'Emploi et de la Solidarité (DDTEFP), du Grand Lyon, du Conseil Régional et de la Ville de Lyon dans le cadre du Réseau des Villes et de l'Europe.


La salle de découvertes scientifiques est inaugurée le 4 février 1999 par Maurice Charrier, Maire de Vaulx-en-Velin, Henri Latreille, Président fondateur d'ébulliScience, Yves Janin, Président d'Ademir et en présence des membres de l'Académie des Sciences, Georges Charpak, Pierre Lena, et Yves Quéré. Cette inauguration consacrait également le lancement de l'exposition itinérante "Histoires, au fil du Lait" réalisée par le Cidil (Centre Interprofessionnel de Documentation et d'Information Laitières) en partenariat avec EbulliScience.


L'intérêt des collectivités pour la pertinence de la démarche d'EbulliScience se trouve conforté par la visite officielle, le 16 avril 1999, du Président de la Communauté Urbaine de Lyon,Raymond Barre, de la Présidente du Conseil Régional Rhône-Alpes, Anne-Marie Comparini, du représentant du Président du Conseil Général, Michel Mercier, et du Secrétaire d'Etat auprès du Ministre de l'Intérieur, chargé des DOM TOM., Jean-Jack Queyranne.